通过减少抑制来提高废水病毒检测的PCR和测序性能

废水监测项目的一个主要优势是能够有效地对病毒进行测序并识别新变种，即使在低社区水平也能帮助及时准确地做出公共卫生响应。然而，废水是一种复杂的混合物，含有会干扰分子诊断方法（如qPCR）的抑制剂，通常导致社区内病毒水平的低估。

浓缩移液管被北爱尔兰国家监测计划选中，用于快速检测废水中的病毒，即使在低水平下也是如此。科学家们进一步改进了该方法，通过稀释PCR模板并在分析前向浓缩样本中添加稳定剂，显著减少了PCR抑制。

废水进样样品按照InnovaPrep发布的修改版协议进行处理。首先，向原始废水中加入Tween 20，然后在4°C下以4000 x g离心10分钟。上清液（50 mL）使用浓缩移液管（CP）与超滤尖端浓缩，然后用InnovaPrep的三洗脱缓冲液洗脱两次。

为了减少抑制，测试了各种PCR模板稀释度和稳定剂浓度（包括Zymo的RNA/DNA Shield和Sigma Aldrich的RNALater），分别在未稀释和稀释样品上进行了测试。样本提取使用Roche的MagNA Pure试剂盒进行，PCR在LightCycler 480（Roche）上进行。全基因组测序使用Illumina MiSeq与ARTIC协议完成。

结果显示，无论是模板稀释还是向浓缩后的废水样本中添加稳定剂都改善了SARS-CoV-2的检测。具体来说，在0.5x浓度下，DNA/RNA Shield增强了未稀释样本的检测，提高了4.2 Cp，而RNALater在0.5x浓度下提高了3.7 Cp。对于测序，DNA/RNA Shield在1.5x稀释样本中产生了最佳结果，而RNALater在0.5x稀释时表现最好。

阅读出版物

通过应用RNA和DNA稳定剂从废水中提高SARS-CoV-2的回收率，Bell等，《应用微生物学通讯》，2023